DNAシーケンス受託業務

ABI3130xl、3500xl DNAシーケンサーにより、プラスミドDNAまたはPCR産物の塩基配列を解析いたします。配列解析は、シーケンス反応済みのサンプル及び未反応のサンプルを受け付けています。結果がうまくいかない場合は、助言・サポートを行います。※学外からは受付けておりません

データの受け渡し方法
　　　新システムのお知らせこちら(2020.6.18～) 　　　

新システム

ファイル共有システムProself
※事前にProselfの受取フォルダのURLを登録していただく必要があります。
登録方法はこちら
※SSO-KIDをお持ちでない方は、ご相談ください。

                旧システム（USBメモリでの結果お渡し）は、2020年7月末で終了しました。
                基本的に印刷データはお渡ししません。

                波形生データ解析には、下記をご利用いただけます。
                ● Thermo Fisherの無料クラウドサービス（Windows、Mac対応）
                    ・Thermo Fisher Connect

                使用方法について：
                https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/cloud/all-analysis-modules.html
                →サンガーシーケンシング
                →「Thermo Fisher Connect 簡易操作ガイド　-キャピラリー電気泳動のアプリケーション-」（PDF）
                をお読みください。
                なお、セキュリティについては、各自のご判断でお願いします。

                ● 無料ソフトのダウンロード
                （Windowsのみ）
                    ・Thermo Fisher社： Applied Biosystems™ Sequence Scanner Software v2.0
                    ・Technelysium社： Download Chromas 2.6.5

                  (Windows、Mac両方対応)
                    ・SnapGene Viewer
                    ・UGENE

                  (Macのみ)
                    ・4Peaks

データの受け渡し方法新システムのお知らせ 2020.6.18
今までデータをUSBメモリに入れてお渡ししていましたが、下記の方法に変更いたします。
新システムに移行するまでは、引き続きUSBメモリで結果をお渡しさせていただきます。
DNAシーケンスサービス受託をご利用の方は、7月末までに新システムへの移行をお願いいたします。

新システム　
九州大学情報統括本部が運営しているファイル共有システム(Proself)を使用してweb経由でお渡しします。
Proselfは、九州大学全学共通ID(SSO-KID)をお持ちの職員、学生にご利用いただけます。　
Proselfのシステムを利用してシーケンスデータの「受取フォルダ」を作っていただく必要があります。

☞ 詳細：
① フローチャート：まず流れをご覧ください。
② マニュアル：具体的な操作を記載していますので、マニュアルに沿って操作してください。
③ 説明動画(6分間)：マニュアルの6-10ページ(利用者全員に行っていただく内容)について、わかりやすく解説しています　

分野単位で「Proselfを利用したDNAシーケンスデータの受取申請書 (以下、申請書Excel)」という書類を提出していただきますので、まず下記の担当者を決めてください。　

► 代表者：教職員または大学院生
             実際にシーケンスを提出する利用者の中で、受取りフォルダURLの管理ができる方　
             新規申込および変更の際に実質的な取りまとめを行なっていただける方

► 責任者：教員(代表者が教員の場合は代表者と同じでよい)
             何かあった際に代表者と共にご対応いただく方

☞ 申請開始：2020.6.18 より順次受け付けますので、分野の代表者は「申請書Excel」を提出してください。
                  DNAシーケンスサービス受託をご利用の方は、7月末までに新システムへの移行をお願いいたします。

☞ 注意1：「申請書Excel」を提出後、支援センターで確認作業を行うのに一週間程度かかります。
            確認ができるまでは、従来通りUSBメモリでのお渡しになります。

☞ 注意2：Proselfにアップされたデータは、ダウンロード後、定期的に消去してください。
            システム全体の空き容量に影響が出るため、Proself内でデータを保存し続けないでください。

① フローチャート

②  マニュアル：
         ファイル共有システム（Proself）の受取フォルダを使用したシーケンスデータの受け渡しのマニュアル　
                       ■ 日本語
                        ■ English

③  説明動画(6分間) ：マニュアルの6-10ページ(利用者全員に行っていただく内容)
              下記リンク先の共有ファイルから、zoom_Proself.mp4(7.87MB)をダウンロードされてください。
              https://share.iii.kyushu-u.ac.jp/public/6QlIQA4I709ARFIBU7hy2pp8BKHrdumu1G1fWQlkIERx
              必ずマニュアルを見ながらご覧ください。

解析に必要なもの

反応済みサンプルの場合（泳動のみ行う）
申込書 (配列解析のみ)	申込書をダウンロードし、太枠内の必要事項をご記入ください。
サンプル（乾燥・遮光）	3130xl、3500xlシーケンサーを使用しておりますので、反応はBig Dye Terminator v3.1(v1.1) Cycle Sequencing Kit (Code No.4337455/No.4337450)を用いて行って下さい。サンプルは、エタノール沈殿又はカラムで精製したものを乾燥させた状態でご提出下さい（アルミホイルなどで遮光）。＜参考＞シーケンス反応、精製方法プロトコール
未反応サンプルの場合（シーケンス反応・精製・泳動を行う）
申込書（シーケンス反応と配列解析）	申込書をダウンロードし、太枠内の必要事項をご記入ください。
サンプル（氷中）*	プラスミドの場合は0.1µg/µl前後でTotal0.5µg以上、PCR産物の場合は、100bpで2ng、500bpで10ng前後使用しますので、これに応じた量を十分量ご用意ください。濃度は、吸光度測定（OD260）の後、ゲル電気泳動を行なって正確なDNA量を算出してください。
プライマー（氷中）*	1pmol/µLでご提出下さい。→1サンプル3.2pmol使用しますので、3.2µl（1pmol/µL）×サンプル数の2倍量以上多めにお願いします。
ゲル電気泳動の写真	DNA濃度が分かるマーカーと一緒に、サンプルの電気泳動を行ってください。濃度が不明な場合は支援センターにご相談下さい。

＊残った試料はお返しいたします。

申込み方法

病院キャンパスの方	解析に必要なものをご持参ください。場　所：教育・研究支援センター（馬出地区医学部基礎A棟2階西側）分子生物学実験室　入口すぐの実験台受付日時：月曜日～金曜日（祝日は除く） 11：00～12:00、13：00～15：00
上記キャンパス以外の方	申込み方法詳細はこちら ※必ず申込み前にメールでご連絡ください。

＊学外からは受付けておりません。

費用

反応済みサンプル 1検体　300円

未反応サンプル 1検体　1,500円

月末締めで、医系学部等財務課経理第一係より、予算の振替処理をいたします。
部局等運営経費、科学研究費補助金、受託研究費、共同研究費、寄附金等からのお支払いになります。

よくある質問Q&A

Q 申請書Excelを再提出するのはどのような時ですか？

                 A・Proself申請書の代表者、責任者が変更になった場合
                   ・利用者を追加する場合
                   ・既に登録している受取フォルダのURLに変更等が生じた場合

下記の受取りフォルダに再提出をお願いします。
https://share.iii.kyushu-u.ac.jp/public/7VNAwAbJUQAAUhYBec6BA55MQ6dTi3xgnsdI1DpfwD93

                ＊E-mailアドレスを変更のみの場合は、再提出する必要はありませんが、サンプルと一緒に提出される
                「DNAシーケンス申込書」のE-mail欄には連絡の取れるE-mailアドレスを記載してください。
                  受取フォルダの追加・変更等で再提出される場合に、E-mailアドレスも一緒にご変更ください。

お問い合せ先
〒812-8582　福岡市東区馬出3-1-1
九州大学医学研究院　教育・研究支援センター（基礎A棟2階）
Tel:092-642-6602（馬出地区内線:6602 ） Fax:092-642-6609
E-mail:

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